Центральным зданием монастырского ансамбля является Покровский собор. Еще недавно он выглядел иначе, чем теперь. Позднейшее время меняло его облик. Чтобы собор занял подобающее место в усложнившейся панораме Суздаля, его короткие главы надстроили дополнительными барабанами с вытянутыми луковицами новых легких глав; устройство четырехскатной кровли закрыло основания древних глав; затем последовала закладка арочных проемов галереи, пристройка новых крылец с легкими, украшенными изразцами столбами: все это сильно исказило постройку 1510—1518 годов. Ее реставрация в 1962 году И.А.Столетовым вернула памятнику его первоначальный облик (илл. 88). Это большой четырех-столпный храм с тремя мощными апсидами, поднятый на высоком подклетном этаже, в котором помещалась усыпальница знатных монахинь. В ее юго-западном почетном углу стояла гробница Соломонии. Фасад усыпальницы совершенно лишен декоративной обработки, лишь проемы небольших окон темнеют на его белой плоскости. С северо-западного и юго-западного углов на галерею ведут лестничные всходы, угловые арки которых опираются на мощные круглые столбы. Сквозь открытую аркаду галереи (илл. 89) хорошо видны пышные порталы собора, а над ее кровлями вздымается массив храмового куба, расчлененный плоскими лопатками и украшенный аркатурно-колончатым поясом, напоминавшим убранство древнего Рождественского собора кремля. Видимо, тем же «образцом» XII века навеяна асимметричная композиция торжественного трехглавого верха. Особенно внушительна средняя глава, поднятая на могучем цилиндрическом постаменте с большими кокошниками. Своим величием и строгостью собор резко контрастирует с интимностью и нарядностью надвратной Благовещенской церкви. Это не только главный храм царского монастыря, духовной тюрьмы для знатных женщин. Это, прежде всего их усыпальница, величественный мавзолей. Отсюда подчеркнутая скупость его убранства, обнаженность его стен и тяжесть глав, словно вытесанных из огромных глыб камня. Столь же суров интерьер собора с его могучими столбами и широкими сводами, словно сжавшими и уплотнившими неподвижный воздух. Реставрационные работы раскрыли любопытные подробности внутренней архитектуры собора. Его пол был вымощен черными керамическими плитками, стены не имели росписи. Внизу стен были сделаны небольшие нишки — «печуры», предназначенные для складывания молитвенных принадлежностей монахинь: у каждой было свое, строго определенное место в храме. Какие-то опасения заставили подготовить собор к обороне, о чем говорят открытые реставраторами бойницы под окнами в восточной части храма. Видимо, строитель монастыря Василий III предполагал возможность каких-то тревожных обстоятельств и готовил монастырь Соломонии к вооруженному сопротивлению.